由于没有指明哪个优先，使南云舰队无所适从。被迫在两个波次的飞机上装载了完成不同任务的弹药，后来因为更换弹药延误了时间，延误了战机，遭受灭顶之灾。
第三，没有重视情报工作，对搜集情报的手段不重视，使得没有正确判明敌情。
霓虹作战观念的落后。丑国在珍珠港被击沉了所有的战列舰，反而使他们放开了束缚的手脚，建立了以航空母舰为核心的特混舰队，其他舰只都围绕保护航空母舰。
而霓虹虽然运用舰载机取得了偷袭珍珠港的胜利，可海军中坚持以战舰作为海战决战的决定性力量的拥护者还大有人在，包括当时世界上最大的战列舰“大和”号在内的战列舰队被保存在柱岛锚地，用来将来决战之用。
它们发挥的作用并不比珍珠港被击沉的丑国战列舰大。霓虹海军不愿将战列舰和航空母舰混合编组为以航空母舰为核心的舰队，让战列舰为航空母舰提供对空掩护，致使南云舰队只得靠自己的巡逻机来保护自己。
当遭到中途岛飞机攻击时，霓虹舰队只得将第二波飞机中的掩护战斗机起飞迎战，造成得到美军舰队的情报后已经准备好的俯冲轰炸机没有战斗机掩护，南云目睹了没有战斗机掩护的美国战机失败的下场，不愿自己重蹈覆辙，决定重组部队后再进攻丑国舰队，使得战机延误。
而且为登陆作战作火力准备的任务完全可以由战列舰队担任，这样就能放开南云舰队的手脚。
作战指挥的错误。首先是忽视了侦察任务。南云舰队没有专门的侦察机飞行队，由于不愿分散进攻力量，南云舰队的侦察任务主要由编队中战列舰和巡洋舰上的老式水上飞机担任。
那天霓虹舰队没有进行双相搜索，进行单相搜索的飞机中有2架出现故障，延误了起飞时间，造成发现美国舰队迟误，直接影响战局。
第二，当南云得到丑国舰队的情报后，没有采纳山口多闻的建议，立即出动没有战斗机掩护的俯冲轰炸机进攻，导致舰机同沉。
第三，山本五十六大将亲自率战列舰队出战，为保持无线电静默，自动放弃了战役的指导。
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